NGS Core Facility

이용안내 Close
위치
  • 고성능집적시스템연구센터(N26) 3층 322호
이용절차
  • 10x chromium : 샘플종류, 개수, application 등 담당자에게 의뢰
  • Bioanalyzer : 사용경험이 없으면, 담당자에게 2회 교육이수 후 자율사용 가능
  • 신규 사용자는 담당자에게 사전 신청바랍니다.
  • 담당자: 의과학연구센터 김지예 (T. 8154 / E-mail: jiye@kaist.ac.kr)
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  • 자동핵산/단백질 분석시스템 (Automated electrophoresis system)
    • 모델명

      Bioanalyzer 2100

    • 제작사

      Agilent technologies

    • 용도
      • DNA, RNA, protein 샘플의 high-resolution 자동 전기영동 분석
      • 생체분자의 sample quality 관리
      • NGS, gene expression, genome editing에 활용
      • DNA/RNA/Protein의 크기, purity, 농도정보 확인
    • 기본사양
      • microfludics 기반 자동전기영동
      • microfludic chip loading 시료 : 핵산 1ul, 단백질 4ul
      • 한 번에 10개~12개 sample running
      • low input NGS libraries에서 최대 12,000bp DNA fragment까지 분석 가능
      • 6~150nt small RNA fragment 분석 가능
      • 최대 230~250kD protein과 peptide 분석
      • electrode cartridge, chip priming station
    • KARA 장비 번호 :

      [의과학-38]

    • 담당자 :

      김지예

    • 메일 :

      jiye@kaist.ac.kr

    장비위치 :

    고성능집적시스템연구센터(N26) 3층 322호

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  • 전자동 유액 기반 분획 라벨링 장치 (Automated massive droplet based partitioning and labeling system)
    • 모델명

      Chromium

    • 제작사

      10x genomics

    • 용도
      • single cell 수준에서 세포의 barcode tagging 및 partitioning 하여 NGS library 제작에 활용
      • 다양한 application 적용
        • 1) single cell gene expression : 단일세포유전자 발현 분석으로 cell population, cell type, cell states 분석
        • 2) single cell immune profiling : 마우스 또는 인간의 수만개의 T cell, B cell로부터 면역반응과 레퍼토리를 분석,
          feature barcoding 기술을 적용해 cell surface protein과 항원특이성을 분석
        • 3) single cell ATAC : single nuclei sample을 가지고 chromatin campaction과 DNA 결합 단백질의 유전자 발현을 분석,
          open chromatin region을 detect하여 chromatin profiling 정보 분석
      • 세포 특성 분석 및 유전자 발현 프로파일링에 적용
    • 기본사양
      • 100개~최대 8만개 이상, 최대 8개 샘플의 single cell barcode tagging
      • 20분 이내 running time
      • cell capture rate up to 65%
      • 1,000 cells중 0.9% 이하 low rate 분석 가능
      • microfludics 기반
      • 0.09m^2의 small footprint instrument
    • KARA 장비 번호 :

      [의과학-39]

    • 담당자 :

      김지예

    • 메일 :

      jiye@kaist.ac.kr

    장비위치 :

    고성능집적시스템연구센터(N26) 3층 322호

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  • 대용량 분석 서버 (high performance computing server)
    • 모델명

      CAE simulator ThunderBolt HPC

    • 제작사

      HPC korea

    • 용도
      • 암유전체 빅데이터 분석용 서버 시스템
      • 고성능 AI & high performance computing 클러스터 플랫폼
    • 기본사양
      • 컴퓨팅 시뮬레이션용 계산모듈과 병렬 스토리지
      • 메인모듈, 서브모듈, 스토리지모듈, 네트워크
    • KARA 장비 번호 :

      [의과학-47]

    • 담당자 :

      김지예

    • 메일 :

      jiye@kaist.ac.kr

    장비위치 :

    클리닉 (E21) 지하 1층

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